確認株式会社のデメリット：株式会社設立

１：経理が複雑になる
個人の確定申告に比べ、法人の経理は複雑となります。通常の法人では税理士に依頼し帳簿作成、申告書作成などしてもらうのがほとんどです。税理士に支払う経費がかかってきますが経営の健全化を考えれば頼むべきでしょう。
２：登記簿謄本の提出義務が生じる会社設立登記した時や屋号、商号の変更、本店所在地の移動などがあった場合、登記簿謄本等の書類を経済産業大臣に提出する義務があります。
３：決算必要書類の提出義務設立後から、3ヵ月以内に「賃借対照表」、「損益計算書」、「利益処分案」など提出。これらの書類は経済産業大臣へ提出する義務があります。
４：配当の規制確認株式会社でも通常の株式会社と同じく配当することは可能です。ただし、配当の算出が最低資本金を控除することとされています。

一般の株式会社の場合配当可能利益＝純資産ー資本準備金ー資本額
確認株式会社の場合配当可能利益＝純資産ー資本準備金ー１，０００万円
これは確認株式会社では設立後５年間、最低資本金の規制が免除されている事に対し、代償処置となります。